目前，煤焦化公司設置9個職能部門、4個直屬中心，6家直屬單位，19個生產廠。下設國能巴彥淖爾能源有限責任公司（屬中國神華控股，位于巴彥淖爾市金泉加工園區，有洗煤廠、焦化廠、甲醇廠、水務公司、港務公司等5家生產單位）、國能蒙西煤化股份有限公司（位于鄂爾多斯市蒙西工業園區，有棋盤井煤礦、棋盤井煤礦東區、棋盤井洗煤廠、焦化一廠、焦化二廠、甲醇廠、華瑞公司等7家生產單位）、西來峰分公司（位于烏海市海南區西來峰工業園區，有焦化廠、甲醇廠、焦油廠、硝銨公司、發電廠、天信公司、興榮洗煤廠等7家生產單位）、鐵路公司、巴圖塔洗配煤公司、馳恒監管區項目部。

煤焦化公司涉及煤炭、煤化工、電力、鐵路、口岸倉儲、供水等六大業務板塊，生產能力為420萬噸/年原煤、910萬噸/年洗煤、610萬噸/年焦炭、52萬噸/年甲醇、18萬噸/年硝銨、30萬噸/年焦油加工、8萬噸/年粗苯加工，倉儲能力1500萬噸/年，火電機組為2×200MW，專用鐵路和鐵路專運線計118公里。主要產品有：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級冶金焦、混煤、甲醇、硫銨、硫磺、煤瀝青、工業萘、輕油、蒽油、甲苯、二甲苯、非芳烴、C8、硝銨等20余種。截止2021年10月底，公司資產總額201.89億元，員工總數5468人